MEC Gisela Aguilar Martínez
En recientes estudios, se han descubierto microbiomas urbanos, es decir, investigaciones exhaustivas en el que se han analizado los virus y bacterias tanto del aire como de las superficies de varias ciudades de todo el mundo.
En dichas investigaciones se analizaron muestras recolectadas de los sistemas de transporte público y hospitales de 60 ciudades de todo el mundo e incluye el análisis y registro para todas las especies microbianas identificadas, entre las que se incluyen miles de virus y bacterias.
Fueron 4.728 muestras tomadas de ciudades de seis continentes durante tres años y representan el primer catálogo mundial del ecosistema microbiano urbano. También se encontró que probablemente se continúen encontrando especies desconocidas, lo cual denota el potencial de los descubrimientos relacionados con la diversidad microbiana y las funciones biológicas que desempeñan en los entornos urbanos. Se dice que, si se analizara un zapato, se podría decir con un 90% de precisión la ciudad del mundo de donde viene.
Las primeras muestras se recolectaron y analizaron fue en el sistema de metro de la ciudad de Nueva York. Después de publicar sus primeros hallazgos, cosa que impacto a investigadores de otras ciudades y empezaron hacer estudios similares en sus propias ciudades, lo que llevó a realizar un protocolo para recolectar las muestras.
Para dichos estudios, se realizó el análisis y ensamblaje de secuencias de ADN y ARN en una supercomputadora del Extreme Science and Engineering Discovery Environment, un sistema virtual único que los científicos pueden utilizar para compartir de forma interactiva recursos, datos y experiencia, y cuyos resultados condujeron al descubrimiento de 10.928 virus y 748 bacterias que no estaban presentes en ninguna base de datos de referencia.
En este proyecto se destacan brotes de infecciones conocidas y desconocidas, así como para estudiar la prevalencia de microbios resistentes a los antibióticos en diferentes entornos urbanos. En 2016 el consorcio se realizó un análisis microbiano integral de las superficies de la ciudad de Río de Janeiro y sus mosquitos antes, durante y después de los juegos Olímpicos. Otro proyecto, en esta ocasión lanzado en 2020, se centra en la actualidad en investigar la prevalencia del SARS-CoV-2 y otros coronavirus en gatos domésticos.
Con estos descubrimientos se lanzó un portal web con capacidad de búsqueda llamado MetaGraphen el que incluyen todas las secuencias genéticas con el que pueden relacionar cualquiera de los elementos genéticos conocidos o recién descubiertos con su ubicación en la Tierra, y el cual se presume una herramienta muy potente para el descubrimiento de nuevas interacciones microbianas y sus funciones.
Existen millones de especies en la Tierra, se tiene una referencia completa y sólida del genoma de sólo 100.000 a 200.000 en este momento, lo cual puede ayudar con la construcción de árboles genealógicos microbianos para comprobar cuán relacionadas pueden estar las diferentes especies entre sí.
Los descubrimientos también tienen muchas aplicaciones prácticas potenciales, hasta el día de hoy se han encontrado más de 800.000 nuevas matrices CRISPR. Esto permitirá el desarrollo de nuevos antibióticos y pequeñas moléculas prometedores para el desarrollo de fármacos, y uno de los siguientes pasos en nuestra investigación es sintetizar y validar algunas de estas moléculas y luego ver qué hacen médica o terapéuticamente.
