Nació en Saltillo, Coahuila, el 20 de noviembre de 1956. Es técnico en Máquinas Herramientas con nivel de preparatoria e hizo estudios de licenciatura en Ingeniería Industrial Mecánica en el Instituto Tecnológico de Saltillo.
Él recuerda que cuando solicitó su primer trabajo en el Grupo Industrial Saltillo, quería diseñar motocicletas. La respuesta fue que no había. Con el mismo deseo de diseñar, nuevamente insistió y obtuvo la misma respuesta. A la tercera ocasión le hicieron ofertas en áreas que no le interesaban. Al insistir lo enviaron a una entrevista con el jefe de mantenimiento, quien buscaba ingenieros eléctricos y para el área mecánica.
Después de una larga conversación sobre mecánica, dice, terminó prestándome un libro de hidráulica y me dijo que me llamaría. Después de dos semanas me presenté a regresárselo y al verme me preguntó ¿ya te contrataron? Qué bueno. Como no era así, concluye, en ese momento me contrató.
Desde muy joven, Juan Manuel Flores ayudó a su padre Anastasio Flores en el Taller Mecánico Industrial Saltillo en labores desde lavar partes, hasta hacer maquinados especiales en máquinas herramientas. Su primer trabajo lo tuvo en 1978 en el área de mantenimiento en la planta ISLO, del Grupo Industrial Saltillo, terminando como superintendente de ingeniería de planta y servicios generales.
Al convertirse la empresa en CONFAD, S.A. de C. V., fue responsable de la producción, control de producción y mantenimiento. Más adelante fue responsable de la ingeniería de producto, desarrollando cambios incrementales a los productos como: adaptaciones de las trasmisiones para lavadoras manuales, con lo que hubo una reducción de costos sin precedentes; el desarrollo de la primera lavadora compacta en el mercado mexicano con marca CINSA y el desarrollo de un quemador para los calentadores de agua marca CINSA, con lo que se eliminaron los problemas de calidad de campo de ese producto.
En 1990 inició, a través de un contrato de asesoría, un programa de desarrollo de producto para la empresa de coinversión del Grupo Vitro y Whirlpool, desarrollando una serie de lavadoras de impulsor y agitador para ser manufacturadas en la planta CROLLS, en equipo con el Instituto Mexicano de Investigaciones en Manufacturas Metalmecánicas (IMEC) que adquirió el Grupo Vitro para convertirlo en su Centro de Tecnología Avanzada.
Para 1994, era gerente de diseño técnico y desarrollo de productos nuevos del IMEC y líder técnico para desarrollar la primera lavadora automática de exportación a los Estados Unidos, logrando también desarrollar las primeras cubiertas de plástico con asistencia de gas en el proceso de inyección y con el resto de la organización técnica, la primera lavadora con controles electrónicos que se comercializa en Norteamérica por parte de Whirlpool Corporation.
A partir de 1996, es gerente del área de Tecnología Lavadoras, dirigiendo los proyectos de mejora continua, línea de modelos, reducción de costos y soporte de ingeniería a plantas y nuevos productos.
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